二者的区别，首先在于木材结构的差异。我们知道，檀香紫檀的木材结构甚细至细，平均管孔弦向直径不大于160微米，木材含水率12%时气干密度大于1.00克\立方厘米，心材红紫，久则转为黑紫色。而花梨木类的平均管孔弦向直径不大于200微米，木材含水率12%时气干密度大于0.76克\厘米立方，木材的心材材色红褐至紫红，常带深色条纹。
当然，紫檀木类与花梨木树种及其木材特征还有其他具体界定。但木材气干密度无疑是最关键的。比如，紫檀属中的木材气干密度如果未能达到0.76 克\立方厘米，则不能称为花梨木，而只能称为亚花梨了。也正是依据上述界定，紫檀属的70个树种中除檀香紫檀达到了紫檀木类的标准，其余的69个树种全被划归于花梨类或亚花梨。学习红木知识，了解木材咨讯，我在木界等你。
其实，紫檀属中几乎所有树种的中文学名后两个字均为“紫檀”，如檀香紫檀、大果紫檀、非洲紫檀、越柬紫檀等，但不能说凡有“紫檀”二字的即为紫檀木类木材。印度紫檀为产于南亚、东南亚、巴新、所罗门群岛的一种花梨木，气干密度只有0.53～0.94克\厘米立方。故与真正的紫檀木相差甚远。
由此可见，印度紫檀与明清家具中所用紫檀木即檀香紫檀是同科同属但不同类、不同种的木材，二者并不存在相关联的所在。有的明清家具著作中将印度紫檀认为是明清家具中所用紫檀木，实为大谬。至于有人坚持紫檀木多种论，故意混淆印度紫檀与明清家具中所用紫檀木的区别，除了研究与认识上的不当外，有的则不排除其商业目的在作怪。
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